Ο Χρυσόστομος γεννήθηκε το 1867 στην κωμόπολη
Τρίγλια της Προποντίδος κοντά στα Μουδανιά εκεί όπου στις 30 Σεπτεμβρίου 1922
υπογράφτηκε η ομώνυμη επαίσχυντη ανακωχή, η οποία επεσφράγιζε την μεγαλύτερη
ιστορική τραγωδία του Ελληνισμού: εγκατάλειψη της Μ. Ασίας και της Ανατ.
Θράκης. Γονείς του Χρυσοστόμου ήσαν ο Νικόλαος Καλαφάτης και η Καλλιόπη
Λεμωνίδου. Το ζεύγος απέκτησε 8 παιδιά, 4 αγόρια και 4 κορίτσια. Από τ' αγόρια
επέζησαν ο πρωτότοκος Ευγένιος (γεννήθηκε το 1865) και ο Χρυσόστομος.
Ο Ευγένιος συμπαραστάθηκε στον νεώτερο αδελφό
του σ' όλη την διάρκεια του πολυτάραχου βίου του και τελικά τον ακολούθησε έως
το μαρτύριο. Ο Νικόλαος Καλαφάτης είχε γνώση του οθωμανικού δικαίου και
αντιπροσώπευε τους συμπολίτες του στα τουρκικά δικαστήρια. Αγαπούσε ακόμη την
εκκλησιαστική μουσική και είχε ανάμιξη στα κοινά και γι' αυτό εξελέγετο
δημογέροντας. Η σύζυγός του Καλλιόπη ήταν μια ευλαβής γυναίκα. Αυτή έταξε τον
Χρυσόστομο στην Παναγία την ημέρα των Φώτων του 1868, όταν είχε επισκεφθεί την
Τρίγλια ο Μητροπολίτης Προύσας.
Το ζεύγος Καλαφάτη, παρά την μέτρια οικονομική
του κατάσταση, ανέθρεψε με επιμέλεια τα παιδιά του. Πρώτοι δάσκαλοι του
Χρυσοστόμου στην Τρίγλια ήσαν ο αρχιμανδρίτης και μετέπειτα μητροπολίτης
Ιωαννίκιος για τα εκκλησιαστικά, ο Γαζής για τα Ελληνικά, ο Χριστόφορος
Μουμουζής για τα τουρκικά, ο Νικόλαος Χατζηχρυσάφης για τα γαλλικά και ο
Παπα-Θεοδόσης για την εκκλησιαστική μουσική. Ο βιογράφος του Σπυρίδων Λοβέρδος
μας δίνει το ακόλουθο πορτραίτο του Χρυσοστόμου ως μαθητού: «Αγχίνους,
τολμηρός, φιλόπρωτος, ενθουσιώδης, φιλότιμος, οξύς, επίμονος, φίλαλος (...).
Πάντοτε επέσυρε την αγάπη των διδασκάλων του, οίτινες προθύμως παρέβλεπον τας
εξ αγαθής προθέσεως και ευθείας συνειδήσεως παρεκτροπάς του».
Ενωρίτατα ο Χρυσόστομος εξεδήλωσε την διάθεση
να γίνει κληρικός. Ο πατέρας του πώλησε το πατρικό κτήμα της συζύγου του, για
να τον στείλει «εσωτερικόν» στην Θεολογική Σχολή της Χάλκης (το δικό του
πατρικό κτήμα το είχε πωλήσει για να στείλει τον πρωτότοκο Ευγένιο στην Μεγάλη
του Γένους Σχολή). Ο Χρυσόστομος έφθασε στην Χάλκη το 1884. Εκεί, όπως λέγει ο
ίδιος, «εποτίσθη το άδολον γάλα της θεοσεβείας και τον γλυκύν χυμόν της
γνώσεως».
Διδάσκαλοί του στην Σχολή υπήρξαν ο διευθυντής
Γερμανός Γρηγοράς, ο Φιλάρετος Βαφείδης, μετέπειτα μητροπολίτης Διδυμοτείχου, ο
Μιχαήλ Κλεόβουλος, μετέπειτα μητροπολίτης Σάρδεων, ο Απόστολος Χριστοδούλου,
μετέπειτα μητροπολίτης Σερρών, ο Ευμένιος Ξηρουδάκης, αργότερα μητροπολίτης
Κρήτης, και άλλοι. Κοντά στους εμπνευσμένους αυτούς διδασκάλους ο Χρυσόστομος
ενωτίσθη όχι μόνο τα θεία ρήματα της θρησκείας μας αλλά και τη διαχρονικότητα
και υπερχρονικότητα του Ελληνικού πνεύματος, του υπό δουλείαν ζώντος, δρώντος
και ζωοποιούντος. Όπως έλεγε αργότερα από του άμβωνος ο ίδιος, «το Ελληνικόν
πνεύμα ελαξεύθη εις το μάρμαρον, εσμιλεύθη εις τους θριγκούς των ναών, εχαράχθη
εις τον πάπυρον, έλαμψεν εις τας δέλτους της Ιστορίας, εκράτησε τας επάλξεις
του πολιτισμού, περιεσώθη διά της παραδόσεως και κρύπτεται ακόμη εις τα
σπλάγχνα της γης αναμένον την σκαπάνην του αρχαιολόγου».
